Naturalism och biologisk evolution förknippas ofta med varandra. Dawkins ”case” för ateism involverar i hög grad biologisk evolution och (en del) kristna upplever biologisk evolution som ett hot mot kristen tro och argumenterar därför ivrigt mot evolutionsteorin. Det senare måste inte bero på att evolutionsteorin förknippas med naturalism, men det tycks som att evolutionsteorin ofta uppfattas som något som ger stöd åt naturalismen.
Alvin Plantinga menar tvärtemot detta att tro på evolution och naturalism inte kan vara rationell. Hans argument för detta kallas *det evolutionära argumentet mot naturalism *och går i korthet ut på följande:
Biologisk evolution främjar (förutom organismens fysiologiska egenskaper) endast beteenden som ökar organismens överlevnadschanser. Vad organismen har för trosföreställningar är irrelevant. I en värld där något sådant som Gud inte existerar, där det varken kan finnas en intention bakom evolutionsprocessen eller någon speciell tanke med människan, där finns inget skäl att tro att den mekanism …